La grotta di San Giovanni si trova a pochi chilometri dal centro abitato di Domusnovas. Si tratta del fenomeno carsico più appariscente in tutta la Sardegna per la sua immensità. La Grotta di San Giovanni con i suoi 850 metri di sviluppo rappresenta il traforo naturale percorso da una strada asfaltata carrabile più lungo del mondo. Oltre alla grotta di San Giovanni esistono solo altri due casi di tunnel naturali utilizzati come via di comunicazione, il primo si trova in Francia nel massiccio del Mas d’Azil, dove la strada percorre per circa 200 metri l’interno della grande grotta, il secondo invece è la Jenolan Cave in Australia, qui la strada percorre la grotta per 127 metri. Oggi, in seguito ad un intervento di recupero e valorizzazione, la strada che attraversa la grotta di San Giovanni è chiusa al traffico; l'ottimo impianto di illuminazione artificiale comunque permette di visitare la grotta e di ammirarne tutte le sue particolarità anche senza l'ausilio di pile.
L'ingresso Sud della grotta di San Giovanni è costituito da un'ampia apertura, alta circa 25 metri e larga altrettanto. La caratteristica della grotta è data dalle concrezioni a vaschetta (Gours), a pochi metri dall'ingresso nord è possibile vedere una delle maggiori, in Italia, successione di Gours sovrapposti, profondi oltre il metro e mezzo. Presso gli imbocchi Nord e Sud della grotta di San Giovanni sono presenti resti di mura ciclopiche, che fanno supporre l'utilizzo della grotta come rifugio o fortezza in tempi antichi.
A metà del percorso prende inizio il ramo secondario chiamato "Su Stampu de Pireddu", costituito da una serie di gallerie e cunicoli che portano lo sviluppo della grotta a 2 km.